Алита - мощный киборг с мягким сердцем и таинственным прошлым. Её новая жизнь непроста: её сердце разбито, она приобретает и теряет друзей в Свалке - жестоком мире, лежащем ниже небесного города, - и служит многим хозяевам, чтобы защищать невинныx и построить свою новую жизнь.

Продолжение популярной манги Юкито Кисиро Gunnm! Сюжет манги продолжает сюжет оригинальной серии, исключая последние главы 9-го тома Gunnm (финальной и эпилога). Через год после битвы в «Granite Inn» из которой неожиданно Дести Нова выходит победителем, он, уже будучи в Салеме, и его помощник, 17-летний гений Джим Роско, восстанавливают мозг и тело Галли, используя сделанные ими открытия в области нанотехнологий. Через некоторое время очнувшись, Галли обнаруживает, что профессор Нова убит, а секрет Салема, что он открыл обывателям несколько дней назад, погрузил город в хаос и безумие.