Один день изменил жизнь доктора Тэммы Кэндзо, гениального японского хирурга, прибывшего в Германию для работы в госпитале «Эйслер Мемориал». В этот день он понял, что человеческие жизни равноценны, и что сама человеческая жизнь стоит больше, чем выгода, которую можно получить за её спасение. В этот день он спас мальчика, получившего огнестрельное ранение в голову во время убийства его родителей. Через некоторое время произошло ещё три убийства, и доктор Тэмма стал главой хирургического отделения госпиталя. В суматохе этих дней выживший после великолепной операции, проведённой нашим Айболитом, мальчик и его сестра-близнец бесследно исчезли из больницы. Прошло девять лет, и убийства в Дюссельдорфе…

В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел.